O nome do município é uma homenagem a Simão Dias, figura histórica que desde a emancipação política teve seu nome envolvido em calorosos debates sobre a sua real participação na origem da povoação. O município se originou como como conseqüência da invasão holandesa em Sergipe, pois com a eminência de uma ocupação  o governo geral ordenou que o gado fosse evacuado. No entanto Braz Rabelo, latifundiário das terras de Itabaiana decidiu que o gado, ao invés de ser evacuado para além da margem sul do Rio Real, fosse escondido nas matas do Caiçá.  

A emancipação veio com a República por decreto de Felisberto Freire quando exercia o mandato de presidente do Estado de Sergipe, o que equivaleria a Governador de Estado atualmente. Este, um dos primeiros historiadores sergipanos, defendeu a origem histórica do vaqueiro afirmando em seu livro “História de Sergipe” que:  

 “Os terrenos onde está edificada hoje (1891) a Vila de Simão Dias foram doadas a Simão Dias Fontes, Cristóvão Dias e Agostinho da Costa” (FREIRE: 1997, p. 322).

O mesmo baseava a sua informação em estudos que demonstravam a existência de um homem chamado de Simão Dias Fontes, que juntamente com Cristóvão Dias e Agostinho Costa solicitaram sesmarias ao governo real nos anos de 1599, 1602 e 1607. O primeiro povoador também era conhecido como Simão Dias Francês.

No entanto com passar dos anos personalidades locais começaram a questionar a existência do referido povoador, levantado suspeitas sobre existência do mesmo. O grande defensor dessa tese foi o Padre João de Matos Carvalho que na intenção de Homenagear o Comendador Cel. Sebastião da Fonseca Andrade, mais conhecido com Barão de Santa Rosa, bem com à sua esposa resolveu desqualificar a tese defendida por Felisberto Freire.  O padre tinha parentesco com a esposa do comendador e valeu-se de uma poderosa retórica, como também de várias controvérsias sobre a figura do vaqueiro Simão Dias. Esse debate está relatado no livro com título “Simão Dias ou Anápolis? Resenha histórica de sua fundação” publicado em 1912. Nesse livro ele levanta a tese de que na verdade o município se originou do esforço de Ana Francisca de Menezes, pois a mesma dou as terras onde hoje está edificada a Matriz de Santana. Nesse mesmo local, no passado, foi edificada uma capela onde daria origem à freguesia, posteriormente a Vila e por fim o Município. Sob esses argumentos o município teve então seu nome alterado em 25 de outubro de 1912, passando a se chamar “Anápolis” , como homenagem à Ana Francisca de Menezes e Ana Freire de Carvalho, esposa do Barão.